Ее поражение стоит на втором месте по числу случаев после иммунной системы, что связано с наличием у ряда клеток нервной системы рецепторов CD4 и корецепторов, благодаря которым они становятся уязвимыми к вирусу.
Однако умеренные нарушения могут развиваться и в результате приема антиретровирусной терапии. Данных о таком влиянии немного.
Наиболее известные из них связаны с приемом Эфавиренза — очень распространенного антиретровирусного препарата, способного преодолевать гематоэнцефалический барьер и проникать в структуры центральной нервной системы. Нарушения выражаются в расстройстве внимания и памяти, головокружении, головной боли, сонливости, нарушение координации и равновесия, появлении необычных сновидений, тревоги, беспокойства, депрессии, бессонницы, психической неустойчивости. Наиболее часто это состояние встречается в первые недели терапии, справиться с ним легко. Для профилактики нарушений со стороны ЦНС при приеме Эфавиренза следует исключить прием пищи за 1,5−2 часа до приема препарата и после этого. Также рекомендован прием препарата перед сном.